房屋拆迁补偿协议纠纷的处理方式，究竟应该通过民事诉讼还是行政诉讼途径解决，需要结合具体案件情况及协议性质进行综合判断。

从协议的性质来看，房屋拆迁补偿协议是征收方与被征收人之间就房屋拆迁补偿事宜达成的协议。虽然在传统观念中，这种协议具有一定协商性，是双方平等协商的结果，似乎更倾向于民事合同范畴。但由于签订协议的征收方具有行政主体的身份，且协议订立背景为行政征收行为，这使得协议的性质变得复杂起来，不能单纯将其直接定性为民事合同。

如果认为房屋拆迁补偿协议是民事合同，那么在发生纠纷时，当事人可以选择通过民事诉讼来解决问题。民事诉讼的优势在于其程序相对灵活，当事人可以更加自由地主张自己的权利，并且可以通过调解等方式快速解决纠纷。例如，在一些简单的补偿金额争议、安置房源不符合约定等履行问题的案件中，双方当事人可以在法院的主持下进行调解，达成和解协议，从而节省时间和诉讼成本。

但是，将房屋拆迁补偿协议纠纷视为民事纠纷也存在一定的局限性。因为征收方作为行政主体，在协议签订和履行过程中可能存在滥用行政权力的情况，而民事诉讼对于行政权力的监督和制约相对较弱。

相比之下，行政诉讼则更侧重于对行政行为的合法性进行审查。若争议焦点在于征收方签订、履行协议的行为是否合法，例如是否存在无权征收、程序违法、胁迫签约或滥用行政权力等情形，则更宜通过行政诉讼解决。那么在发生纠纷时，当事人选择行政诉讼更为合适。行政诉讼可以对行政行为的合法性进行全面审查，法院可依法判决撤销协议、确认协议无效或者责令行政机关重新作出行政行为等。。例如，若征收方在签订协议时未按照法定程序进行公告、听证等，或是胁迫签订协议，当事人可以通过行政诉讼要求法院确认协议无效或撤销协议。

在实际操作中，判断房屋拆迁补偿协议纠纷是按民事诉讼还是行政诉讼处理，需要综合考虑协议的具体内容、签订和履行的过程以及纠纷的性质等因素。一般来说，如果纠纷主要涉及协议的履行、违约责任等民事方面的问题，可以选择民事诉讼；如果纠纷涉及征收方的行政行为合法性等问题，则更适合选择行政诉讼。

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