由于受农村发展程度及行政管理实际情况等影响，我国农村集体土地上房屋或附属场在之前存在普遍的未办理建设工程规划许可的现象。

这在一定程度上也是因行政机关执法不规范、管理不到位造成的，对于这类房屋行政机关在如今进行违建认定时更要慎重对待。根据行政处罚实体从旧兼有利于行政相对人原则，对当事人的建设行为的处理应参考当时有效的法律规定，而不能适用现行条例对当事人进行加重处罚。

即使是违法建筑，其法律后果也并非一律拆除，应当区分违法情节轻重予以处理。须全面综合考量有无非当事人一方过错的行政因素、历史因素、实际建设和使用状况等因素，要根据违法建筑形成过错中各方的责任大小，确定适当比例，以维护当事人的合法权益。

这可以参照《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定的四种情形有梯度、分情形予以处理，并且按照该条款规定，限期拆除的前提是无法采取措施消除对规划实施的影响。

在《住房和城乡建设部关于印发〈关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见〉的通知》第四条、第七条规定了尚可采取改正措施消除对规划实施影响的情形，依此判断违法建筑对于修建性详细规划、控制性详细规划以及总体规划的违反程度。

而当事人房屋所在地的规划若未作调整，当事人应具备补办手续、采取改正措施消除对规划实施影响的可能。即使当事人房屋所在地块的规划已经被调整，那么该规划在调整时亦未调查当事人房屋的情况，其合法性亦存在问题。

此外，根据最高人民法院司法裁判精神，且（2018）最高法行申5424号行政裁定书中也明确表明“在房屋征收过程中，对因历史原因形成的没有建设审批手续和产权证照的房屋，行政机关应当在征收之前依法予以甄别，作出处理，不能简单将无证房屋一律认定为违法建筑，不予征收补偿；违法拆除因历史形成的无证房屋造成损失的，也不能简单以无证房屋即为违法建筑为由，不予行政赔偿。在行政机关没有充分证据证明被拆除的无证房屋属于违法建筑的情况下，应当将该房屋视为合法建筑，依法予以行政赔偿。行政赔偿的项目、数额不得少于被征收人通过合法征收补偿程序获得的行政补偿项目、数额。”

综上，居住已久的房屋在面临违建认定的时候，当事人首先要考虑的是其房屋所在地的规划是否已经被调整，该情况可以通过律师介入进行调查取证，如果当地存在相关的征收项目，当事人的房屋已经位于征收范围内，相关部门启动违建认定则系以拆违代替征收的一种不当手段，更应抓紧时间积极维权，以防对后续的安置补偿造成影响。