在征收拆迁过程中，经常会出现被征收房屋被认定为违建不予补偿的情形，那么对于行政机关的以上行为，如何进行合法性审查？

第一，认定违建的时间点审查。

根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条第二款：“市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。”

所以，征收项目启动之后，对于被征收房屋合法性与否的认定，必须是在生效的房屋征收决定作出之前。

主要理由在于根据《中华人民共和国民法典·物权编》第二百二十九条：“【法律文书或征收决定导致的物权变动】因人民法院、仲裁机构的法律文书或者人民政府的征收决定等，导致物权设立、变更、转让或者消灭的，自法律文书或者征收决定等生效时发生效力”的规定，房屋征收决定一旦发布，被征收的房屋物权在征收决定公告之日起权属就已经发生变更，作为行政机关在涉案房屋已经因政府的征收行为被赋予了征收补偿行政法律关系的基础之上如果对涉案房屋以违法建设为由进行行政处罚，虽然征收行为与行政处罚行为属于两个不同的具体行政行为，但是两个行为针对的标的是同一的，如果认可后一行政处罚行为的效力相当于否定人民政府发布的房屋征收决定这一行政行为的效力。或者认为在后的行政处罚行为是对前面征收行为的变更，那么作为行政机关对已经发生效力的行政行为进行变更要有足够的依据。所以如果在房屋征收决定发布之后对被征收房屋进行处罚行为与人民政府对涉案房屋的征收行为将构成重复处理行为。

在广州铁路运输中级法院作出的（2019）粤71行终109号《行政判决书》，该判决书中明确：“根据已查明的事实，包括案涉房屋在内的天河区车陂第十二经济社村民住宅已在2017年9月被纳入政府土地收储和开发建设范围内，并在2017年9月起开始了征收补偿签约工作。鉴于案涉房屋已被列入征收拆迁范围之内，应遵循政府相关征收拆迁补偿规定来处理案涉房屋的拆除和补偿问题。被上诉人应知晓案涉房屋的上述情况，仍在案涉地块的征收补偿工作已开展8个多月，案涉房屋无人居住的情况下，以案涉房屋涉嫌违法建设为由进行立案查处，属于重复处理。” 该判决对以上观点予以了认可。

第二，认定违建必须依照法定程序进行。首先，需要审查作出主体是否依照《城乡规划法》等法律法规，依法取得违法建筑的处罚权；其次，从认定事实和适用法律上看，被诉行政机关作出限期拆除决定认定涉案建筑为违法建筑需要有事实依据，相关机关是否进行了充分的调查，另当事人未拆除违法建筑的行为是否违反了《城乡规划法》的相关规定。

最后，从作出决定的程序上看，被行政机关在作出限期拆除决定前，是否履行了告知程序，是否告知当事人限期改正或自行拆除，并保障了行政相对人等举证、陈述、申辩的权利。

综上，若将国有土地上被征收房屋作为违法建筑处理，则必须通过法定认定程序进行，否则将放任以拆违代拆迁等执法目的不当的行政行为发生。